做标记的地方应该就不算了吧。
参考文献应该不算，因为提供的参考文献主要用于确定正文中重复的地方是否属于引用。
首先可以明确清楚的是，硕士论文的正文是必查部分，除此之外，硕士论文内容的查重范围还包括有论文封面、声明、摘要、致谢、参考文献和论文附录等，如果将论文的开题报告也上传了的话，也是会进行重复率检测的。
对于硕士论文来说，检测硕士论文重复率最准确的论文查重系统是知网VIP论文查重系统，知网的数据库比对查重范围由以下数据库构成：中国学术期刊网络出版总库、中国博士学位论文全文数据库/中国优秀硕士学位论文全文数据库、中国重要会议论文全文数据库、中国重要报纸全文数据库、中国专利全文数据库、学术论文联合比对库、互联网资源、英文数据库、港澳台学术文献库、优先出版文献库、图书资源、个人比对库和学术论文联合比对库等。
看学校要求吧，有的学校中英文摘要、参考文献、致谢、目录等式不进行查重检测的。所以应该看学校的要求，如果没有特别说明的，估计是都要进行查重了吧，有什么关于论文查重的问题还可以到上学吧论文查重上看看，上面介绍的比较详细。
研究生毕业在论文经过导师评审后，盲审前还有一到工序，就是学位论文查重。很多硕士学生第一次接触论文查重，不知道硕士论文查重内容都包括哪些部分。
硕士论文的话，查重的要求和条件都很严格，包括目录，标题，论点，表格，以及总体内容。这些都是包括在内的。希望我的回答对你有帮助，欢迎采纳我的回答，谢谢
硕士论文查重最严重的部分应该是摘要部分，因为在这样一个部分我们需要论述很多技术发展的内容，这就需要我们已经有很多的参考文献。
包括附录摘要的 参考文献目录不包括
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paperrater查重时标题、目录、作者信息不提交，仅提交摘要、关键词、正文和参考文献，避免干扰检测结果。